La demanda de entradas para los partidos del Mundial de 2006 supera con creces la oferta, por lo que muchos hinchas se quedarán sin poder entrar a los estadios en Alemania. En la tercera fase de venta de entradas, que terminó en la medianoche del domingo, hubo un total de 677.900 pedidos por 6 millones de entradas. Los tickets puestos a la venta eran sólo 250.000. Los partidos que más interés suscitan son el inaugural, la final y algunos encuentros de la primera fase, como Argentina-Holanda o Alemania-Polonia, según el vicepresidente del Comité Organizador del Mundial, Horst Schmidt. Otros partidos, como Ucrania-Túnez, que se jugará en Berlín el 23 de junio, o Irán-Angola, que se disputará en Leipzig el 21 de junio, son los de menor interés y los hinchas que hayan solicitado entradas para esos compromisos tienen grandes posibilidades de conseguirlas. En las dos primeras etapas de venta también hubo mayor demanda que oferta y se registró un aumento del interés desde el extranjero. Sólo poco más de la mitad de los pedidos, un 52%, procedía de Alemania, mientras que el 89% correponde a toda Europa.
El 31 de enero se realizará un sorteo para repartir las entradas y a comienzos de febrero se comunicará a las personas que hayan salido favorecidas el numero de entradas que les corresponden y la categoría de las mismas.
El método de venta de tickets implementado por la Fifa fue muy controvertido por diversos motivos. En primer lugar, el hecho de que, por razones de seguridad y como medida preventiva contra la reventa, cada entrada esté personalizada, dificulta la adquisición de boletos para regalar o el traspaso en caso de que la persona que lo adquiera se vea impedida de asistir al partido.
Además, la decisión de efectuar toda la venta de entradas por Internet fue vista por algunos aficionados como una discriminación de aquellos que no tienen contacto permanente con los nuevos medios de comunicación.
Un caso aparte fue el de las llamadas "entradas opcionales", método por el cual los aficionados podían adquirir la opción de comprar una entrada en caso de que ésta fuera devuelta por alguna federación. La Oficina de Protección del Consumidor criticó ese sistema porque comprometía al hincha a adquirir una entrada en caso de que esta estuviera disponible mientras que le FIFA y el Comité Organizador no adquirían compromiso alguno. Además, se criticó el hecho de que los aficionados tuvieran que pagar los gastos administrativos de la operación sin saber si iba a ser exitosa para ellos. Ese caso estuvo a punto de generar una querella judicial, pero al final se saldó con un compromiso entre la Oficina de Protección al Consumidor y el Comité Organizador.
Para evitar que la polémica crezca, la Fifa y el Comité Organizador del Mundial delegaron en la empresa de auditoría y asesoría financiera Ernst&Young la responsabilidad de supervisar la gestión del proceso de venta de entradas para la Copa del Mundo. La compañía, de origen suizo, funcionará como entidad independiente de la Fifa. En 2002, Ernst&Young también asumió el mismo rol para la Copa de Corea y Japón.
El proceso de comercialización de entradas involucra numerosos contratos con compañías prestadoras de servicios, como gráficas, distribuidoras y muchas otras, a las que la consultora deberá monitorear.